数学系期间

1972年至1981年，李文清担任控制理论专业负责人。

计算机科学系期间

1982年至1986年，李文清担任系主任，黄国柱、蔡经球担任系副主任。

计算机与系统科学系期间

1986年至1991年，蔡经球担任系主任，辜建德、林锡来担任系副主任。

系统科学系期间

1991年至1995年，蔡维璇担任系主任，施鼎汉、李茂青担任系副主任。

自动化系期间

1995年至1999年，施鼎汉担任系主任，李茂青、张阿卜担任系副主任。

1999年至2004年，李茂青担任系主任，蔡建立担任系副主任，吴顺祥担任系主任助理。

2004年至2008年，罗键担任系主任，蔡建立担任系副主任，吴顺祥担任系主任助理。

2008年至2013年，罗键担任系主任，王周敬担任系副主任（2012年离职），吴顺祥担任系主任助理。

2013年至2016年，吴顺祥担任系主任，兰维瑶、王颖担任系副主任。

2016年至2022年，曾建平担任系主任，罗林开、王颖担任系副主任。